Как минимум по канону; то есть хронологический - так книги Библии составлены; и смысловой - пророческие, например, отдельно; кроме того, сами по себе Ветхий и Новый Заветы отдельно, но они единое целое Писания, дополняют друг друга.
Богословы и библеисты разрабатывают разные планы чтения Библии для удобства изучающих, их можно найти на сайте katechein.ru. Есть ещё интересная книга о. Александра Меня "Как читать Библию". И лучше всего читать Библию с комментариями, словарём, картами, таблицами - такое издание объёмнее, но много удобнее.