Различие действительно очень и очень существенное.
Наука работает с проявленным, материальным миром. Она изучает факты, выводит общие принципы и законы, опираясь на внешние данные. Ее цель - выявление законов, действующих в мире, определение механизма явлений.
Религия - Вы правы - это в какой-то мере рационализация веры, это попытка объяснить Бога на доступном разуму уровне. Но религия не изучает действия людей, а регламентирует их. Не выявляет законы, а устанавливает их, объясняет смысл. Религия прописывает, как должна поменяться жизнь верующего. И религия прописывает не механизм явления, а его смысл и цель.
Так что эти два направления не схожи ни в применяемых методах, ни в достигаемых целях, ни, самое главное, в "предмете изучения".