Максим, нет, каждая точка, это отдельная карточка в Яндекс Спровочнике. Чем больше точек, тем больше охват потенциальных клиентов. Вам это только в плюс, Яндекс Карты дают хороший трафик. Советую максимально заполнить карточки организации, это тоже увеличит ее видимость.
--
Евгений Чуранов
Для начала все же придется создать 3 организации (а также подтвердить права владельца на них), а затем их можно будет объединить в сеть. Более подробно об ограничениях можно прочитать здесь. Там же будет ссылка на форму для связи филиалов в сеть.