В том же, в чем разница между сенатором и сенатом, царем и царством, директором и директоратом (дирекцией, директорией), патриархом и патриархатом и т.д. Халиф - это религиозный и светский правитель в мусульманской стране, наследник Пророка. А халифат - его держава.
Не "наследник", а "наместник". И не "его держава", а "государство, которым он управляет".