В случае, если имеется в виду не зерна, а растение - кофейное дерево :) в этом случае будет правильно сказать "оно".
_______
Кофе был и останется мужского рода! И все производные от этого слова муж. рода. Выпьем же кофейку, а не кофейка(ко), за это. И пусть разного рода дебилы, которые не могт запомнить, что хорошо сваренный кофеек хорош и душист, а кофейко - какое-то неведомое г@вно, изойдутся на кофейко и окажутся в выгребной яме, где этой непонятной субстанции и место.
Вроде как уже несколько лет назад приняли, что кофе может быть и среднего рода?
Вы считаете себя умнее министров?