Могут ли они существовать по отдельности? Очевидно, нет, потому что они зависимы.
Давайте остановимся на том, что для определения граничных значений вам понадобится сначала определить классы эквивалентности, на границах которых эти значения и будут лежать. Действительно, если при определении классов эквивалентности необходимо (не всегда достаточно, да) покрыть хотя бы по подному кейсу из каждого класса, то граничные значения расширяют этот набор за счёт добавления кейсов с данными, находящимися непосредственно на границах этих самых классов эквивалентности. Часть этих граничных значений могут технически принадлежать определённым классам эквивалентности.
Логично, что даже если вы из каких-то общих соображений сразу определяете граничные значения (например, очевидно, что числа дней января лежат между 1 и 31 включительно, а значит нужно покрыть значения ввода -1, 0, 1 , 31 и 32), вы автоматически тем самым определяете классы эквивалентности, лежащие между ними. Однако, справедливости ради, лучше выделять классы сознательно, потому как подход с граничными значений может не определять некоторые классы явно. Для нашего примера с январём не определяются дробные числа или, скажем, буквы.