Есть полезное практическое правило, которое позволяет в большинстве случаев определить, в каких словах раньше писалось Е, а в каких ѣ. Если в корне есть чередование Е с нулем ("беглая гласная"), то в нем писалось Е (лев - льва). Сравните с омонимичным корнем в слове левый, там нету беглой Е, и в страну там писалось ять: лѣвый.
Также почти наверняка писалось Е, а не ѣ в корнях, где есть чередование Е - Ё (пень - опёнок). Но из этого правила есть исключения: гнездл, звезда, поперек и другие - они писались через ять, хотя в них появляется Ё (гнёзда, звёзды).
Непроверяемых по этим правилам случаев довольно много, они обычно заучивались наизусть. Знаменитое стихотворение про бледного беса - как раз список таких слов.
"Е" писалось там где был звук "е", а "ѣ" писался там где был звук "ѣ". И это были разные звуки, которые только к 18 веку слились в один. Подробнее об этом написано в wikipedia.org