Давно читал Рыбакова и не могу припомнить, чтобы он высказывал такую версию. Правда, нашёл у Я.Л. Сухотина ссылку на рыбаковский "Тридцать пятый и другие...", где автор говорит об утверждении Рыбакова, что обстоятельства смерти Якова Джугашвили неизвестны. Сухотин это заявление достаточно компетентно оспаривает и приводит факты, которые свидетельствуют об убийстве фашистами сына Сталина.
Теперь версия, касающаяся НКВД. Думаю, что версия вряд ли имеет под собой хотя бы мало-мальские основания. Два года провёл Яков в плену и немецкая пропаганда практически сразу превратила его в предателя, который "сотрудничает" с фашистами. Превратила и активно использовала в своей деятельности. Мёртвый или живой сын Сталина - это для пропаганды особого значения уже не имело.
Сухотин, кстати, приводит сведения, которые говорят о неких попытках или, скорее, о подготовке попыток освобождения Якова советскими спецслужбами и ссылается при этом на небезызвестную Долорес Ибаррури.