Украинское "и" и русское "ы" — это разные по происхождению и произношению звуки (украинский звук возник из слияния древнего "і" и "ы" и виговаривается мягче, менее напряженно). При диалектологической записи эти различия важны, поэтому я бы советовала писать "и" там, где звучит украинское "и", "ы" — там, где слышится русское "ы". Чтобы не возникало путаницы, тот звук, который в русском языке записывается как "и", а в украинском как "і", я бы записала как "і". Из-за этих двух разных "ы"/"и" получается, что русская транскрипция для такой записи не подходит.