Если мы работаем на общей системе налогообложения (с НДС), то мы что-то покупаем и что-то продаём.
Когда мы что-то продаём, то мы начисляем НДС к уплате (становимся должны уплатить НДС в бюджет).
А когда мы что-то покупаем, если наш поставщик работает с НДС (и выдаёт нам входящий счёт-фактуру), то мы можем уменьшить наш начисленный к уплате НДС на суммы НДС, указанные в счёт-фактуре от поставщика.
Бывают ситуации, когда сумма входящего НДС (от поставщика) больше, чем тот НДС, который мы начисляем со своих продаж. В такой ситуации мы имеем право подать в ФНС декларацию по НДС с суммой к возмещению, чтобы ФНС вернула нам разницу в суммах налога.
Когда мы такое подаём, то ФНС проводит проверку, запрашивает у нас документы, подтверждающие расчёт НДС (счета-фактуры, договоры и тп.), проводит встречные сверки с нашими поставщиками (запрашивает у них документы), и если всё хорошо, то переводит деньги нам на счёт.
Занимает это около 3-ёх месяцев.
А если мы на УСН (т.е. без НДС), то вернуть НДС мы никак не можем.