Как минимум нежелательно.
Ноутбук при работе стоит держать на твёрдой поверхности в неподвижном состоянии (чтобы он не висел одной из сторон и не качался, при нажатии на клавиши).
Из-за тряски работающего ноутбука может прыгать считывающая головка жёсткого диска, повреждая на нём сектора. Повреждённые сектора поначалу снизят производительность ноутбука, а позднее (как правило, очень не скоро, могут пройти многие месяцы) жёсткий диск откажет окончательно и похоронит в себе все важные данные.
Исходя из личного опыта, отвечу, что делать это нужно соблюдая все меры предосторожности. У меня так однажды ноутбук упал - матрица экрана мгновенно повредилась.
Что касается опасений по поводу здоровья. Нет, не вреднее, чем держать смартфон в руках.
Не вредно и лежа очень удобно когда он на животе :)