Зачем эуакариотам переходить от элегантной кольцевой ДНК на хромосомы с метилированными концами, потеря которых приводит к старению и неизбежной смерти?

1. Утрата теломер на концах хромосомной ДНК не фатальна. Их можно восстанавливать. Иначе потомство тоже рождалось бы старым и все эукариоты вымерли бы. Да и соматические клетки, тоже, до поры после деления восстанавливают утраченную пару теломер. Сокращение числа теломер (и гипотетически связанное с этим процессом старение) - это не неизбежность и даже не дефект (в общем случае), а часть наследственной программы.
2. Возможность рекомбинаций, что резко ускорило эволюцию.
3. Плотная упаковка в хромомомы позволила перейти к несравнимо более протяженным молекулам ДНК, увеличив объем наследственной информации и создав почву для эволюции в сторону усложнения. В частности, эукариоты не ограничились "одноклеточностью".
4. Упаковка в хромосомы позволила упаковать ДНК в ядро, отделив его мембраной. Это - эффективная защита от случайных повреждений. Снаружи ядра могут идти какие угодно реакции, но ДНК от этого не пострадает. Вообще, внутриклеточные мембраны значительно разнообразили химическую "кухню", доступную одной и той же клетке, позволяя совмещать несовместимое, просто разграничив "реакторы" . У бактерий всего два "реактора": цитоплазма (без внутренних перегородок) и внешняя среда (где велики потери из-за диффузии, но которой тоже приходится пользоваться из-за отсутствия альтернатив).
   А еще эукариоты умудрились поставить себе на службу кислорододыщащие бактерии (превратились в сегодняшние митохондрии) и сине-зеленые водоросли (превратились в хлоропласты высших растений), но это уже офтоп...

Одна из важнейших особенностей эукариот - наличие полового размножения с полногеномной рекомбинацией. А одним из важнейших процессов при этом является кроссинговер. Ну а осуществить кроссинговер с кольцевым хромосомами весьма непросто, тогда как с линейными все гораздо проще.