Согласно ст. 10 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей" средства (часть средств) материнского (семейного) капитала в соответствии с заявлением о распоряжении могут направляться на приобретение (строительство) жилого помещения, осуществляемое гражданами посредством совершения любых не противоречащих закону сделок и участия в обязательствах (включая участие в жилищных, жилищно-строительных и жилищных накопительных кооперативах).
Кроме того, приобретаемое с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала жилое помещение должно находиться на территории Российской Федерации.
Соответственно, да, Вы можете потратить средства материнского капитала на приобретение жилого дома.