скомпилировать можно только исходный код на Си, скорее всего будут необходимы правки кода программы, которые зависят от платформы (внешние библиотеки, ввод/вывод)
есть ещё термин "бинарная трансляция" но её пытались применять для автоматического переноса программ для другого процессора
Под Linux для запуска Win-приложения применяется WINE, он занимается загрузкой кода... Читать далее