Цена очень большая.
Водород химически активен, чрезвычайно летуч и сжижается при очень низкой температуре. Кроме того, он имеет очень высокую теплоту сгорания.
В настоящий момент не существует технологий, позволяющих работать с ним в объеме, сравнимом с тем же природным газом (а еще есть нефть, уголь). И стоимость получения и хранения водорода будет гораздо выше, чем у любого углеводорода.
Ну и да, проблема того, что водород не есть первичный источник энергии раскрыта в соседнем ответе.