Вентиляция в бункерах (убежищах) подразделяется на приточную и вытяжную. Приточная оснащается воздушными фильтрами и приводными вентиляторами, часто под неё выделяется своё помещение. Вытяжная, как правило, естественная, без вентиляторов, чтобы в бункере поддерживалось повышенное давление (оно препятствует попаданию внутрь загрязнённого воздуха). Вентиляционные каналы на поверхности оборудуются защитными колпаками или будками, иногда служат запасными выходами. Обязательны герметичные заслонки, если концентрация вредных веществ в наружном воздухе превышает возможности фильтров, заслонки закрывают. Бывает, что вентиляционные установки снабжают устройствами поглощения углекислого газа и кислородными баллонами, но это уже редкость.