Михаил, если нужно продвигать в Яндексе - то продвигать сайт лучше подпапками чем поддоменами.
Это из-за большого влияния поведенческих факторов на позиции в Яндексе. Также целесообразно, если городов не много, продвигать страницами категорий и товаров(только чтобы в URLе не было большого количества слэшей). Сами названия городов желательно прописать в метатегах Title... Читать далее