Принципиально возможно. Зависит от имеющихся у вас вычислительных мощностей. Цвет вещества определяется его спектром поглощения. Спектр поглощения - электронной структурой. А электронная структура рассчитывается квантовомеханически. Соответствующие программы давно существуют. Проблема в том, что сложность расчётов экспоненциально растёт с количеством электронов в молекуле.