Как так вышло, что клеточный центр есть в клетках всех животных и самых примитивных растений?

Сложно дать ответ на этот вопрос с полной уверенностью, вероятно его наличие связано с тем, что у неопределенного предка имелсся данный органоид, и впоследствии он остался как часть клеточного цикла животных и низших растений, а у отдельных клад прокариот, высших растений и грибов клеточный центр либо за ненадобностью "отвалился" в результате эволюционного процесса, либо не существовал вовсе. Но все это своего рода спекуляции...

Да, клетка состоит из ядра и протоплазмы у всех сущих.

Если сравнить государство с клеткой, то тоже есть центр управления -ядро, энергетические станции, без которых жизнедеятельность невозможна (в клетке это митохондрии), геном клетки - то, что объединяет нацию, генетическая память поколений. Ой, что же там еще в клетке есть, подзабыла ( что вы хотите, возраст под 70)...