Реагируют ли поисковики на уникальную верстку сайта?

Нет.

Вёрстка по возможности должна быть валидной - бывают случаи, когда незакрытый комментарий или тег приводили к тому, что целые куски контента вываливались из сканирования и не индексировались. Вёрстка по возможности должна быть семантической - это хотя бы гипотетически помогает роботам понять, где тут у вас зона основного контента, где - "сквозняки", и на чём стоит делать акцент. Не должно быть проблем с формированием DOM, а основной контент должен быть выведен средствами HTML, а не javascript или AJAX.

Этого достаточно. "Уникальность" по отношению к вёрстке вообще звучит достаточно странно и однозначно не относится к факторам ранжирования.