На продвижение влияет то, что видит поисковый робот - это контент + загрузки страниц + удобство просмотра с мобильных платформ и корректность отображения (видимость) контента.
Если файлы в корневой директории не влияют на скорость загрузки и не используются для генерации контента, то как правило они никак не сказываются на ранжирование, т.к. роботы их просто напросто не видят и не знают об их существовании. Другое дело, что если открыт доступ к корневой папке сайта, то это может быть просто напросто не безопасно.
Желательно всё распихать по папочкам и проверить права доступа к ним. Порядок никогда никому не мешал)