Здравствуйте.Отсрочка сохранилась бы, если вы поступили на магистратуру в год окончания бакалавриата.
В этом случае отсрочка по обучениях продлилась бы на 2 года.
Важно понимать так же по какому заболеванию вам выставляли категорию годности «Г» временно не годен к военной или «В» ограниченно годен к военной службе.
Возможно каких нибудь данных не хватило(исследований, истории болезни итд) для утверждения категории годности или вам занизили ее.
Поэтому в вашем случае необходимо списываться по состоянию здоровья и тогда вопрос будет закрыт.
При занижении категории годности, обжалуйте решение призывной комиссии и затребуйте обязательно выписку из протокола решения призывной комиссии