Каким герметиком лучше залить щель между двумя квартирами?

Кирилл, можете использовать любой - самый дешёвый силиконовый герметик. Контуры отопления в многоквартирных домах крайне редко нагреваются выше 65-70*, если только вы не живёте в районах с "нормальной" зимней температурой ниже -40*. :)
А такая температура для силикона - совсем не критична.

Только будьте готовы к тому, что вам придётся периодически восстанавливать герметичность - осенью-весной при нагревании-остывании контура домового отопления ваш загерметизированный стык - скорее всего перестанет быть таковым ибо стояки при нагреве удлинятся, а при остывании - укоротятся.
Если у вас металлические трубы - это не так критично, а полипропилен при запуске отопления удлиняет и выгибает очень неслабо - даже алюминизированный! :)

Любым селиконовым герметиком, если отверстие большое то строительной пеной.  Смотрите на срок годности. Вообще у герметиков срок жизни года 2 максимум.