Здравствуйте, попробуйте провести загрузку с LiveCD и проверить скорость копирования, если не падает до нуля, то проблема в системе и придётся переустанавливать Windows.
Что подразумевается под прочтением? Значение цветов в программе? красный - фрагментированный, серый - нормальный, зеленый- дефрагментированный