Прикладные программы, это программы, которые приносят пользу пользователю. Например, это редакторы текста или электронные таблицы. Такие программы обычно покупаются отдельно от компьютера.
Системные программы предназначены для настройки операционной системы и обычно проставляются вместе с ней. В качестве примера такой программы можно назвать программу форматирования диска. Вы же компьютер покупаете, не для того чтобы постоянно на нём диски форматировать. Поэтому, можно сказать, что пользу она вам не приносит.
Вообще, деление програм на прикладные и системные, довольно условно.