Доброго дня
При смене ядра сайта могли как поменяться ЧПУ, так и появится дубли страниц. Вебмастер может это увидеть только месяца через 3, сделайте прогон сайта через специализированный софт. Если такого у программистов не имеется, то можно запустить скан через Лабрику.
Также советую посмотреть, не было моментов, когда сайт не работал, или выдавал ошибку. Эту информацию можно найти в логах сервера, или в сообщениях с Метрики, если подключен мониторинг работаспособности сайта