Для начала следует отметить, что вообще все учреждения, осуществлявшие властные полномочий в Российской империи, не имели постоянных и четко прописанных функций, а кроме того не было прописано их взаимодействие с другими учреждениями. В условиях самодержавной власти, императору было выгодно поддержание постоянной конкуренции между ведомствами - это давало ему простор для выбора решений. Кроме того, те или иные ведомства могли изначально создаваться под одну задачу, но после ее выполнения не исчезали, а продолжали существовать в неясном правовом статусе. Именно через эту призму следует рассматривать историю Правительствующего Сената и его взаимоотношение с другими учреждениями, в частности с Государственной Думой.
Изначально Сенат создавался лишь с одной целью - заменить Петра I во время его постоянных отлучек из столицы, что было необходимо для решения множества текущих задач. Фактически, Сенат в это время - это "коллективный Петр". Одновременно за ним были закреплены надзорные функции, грубо говоря, задача Сената была - следить за всем, происходящим в государстве и принимать необходимые решения. После того, как разъезды Петра I прекратились, Сенат не был упразднен, но его функции существенно изменились. Теперь он стал не "воплощением императора", а центром принятия важнейших решений управления страной, органом, координирующим и надзирающим за работой коллегий, то есть Сенат стал чем-то вроде "суперминистерства" с элементами законотворчества и прокурорского надзора. Кроме того он выполнял и такие канцелярско-секретарские функции, типа текущего повышения в чинах.
Уже в конце правления Петра I Сенат начал терять многие из функций, постепенно превращаясь в одну из коллегий. После эта тенденция была во многом продолжена, хотя время от времени Сенат вдруг снова наделялся огромным количеством функций, превращаясь в верховный орган власти, чтобы в дальнейшем вновь утратить это значение. Может сложиться ощущение, что императоры сами не знали, чего они от Сената хотели - то ли получить в его лице помощника в решении текущих дел, то ли что-то вроде "совета старейшин", то ли просто какая-то непонятную коллегию с пересекающимися с другими полномочиями.
При Екатерине II произошла серьезная реформа Сената, его разделили на 6 департаментов. I департамент занимался внутренними и политическими делами, II - судебными, III - делами по губерниям, находившимся на особом положении, IV - делами военными и морскими, V ведал делами административными, VI - судебными. Фактически это привело к дублированию функций сената и коллегий. При этом законодательная функция (которая, в принципе, ранее была одной из важнейших) у Сената изымалась, превращая его в канцелярию для текущих дел. Но формально Сенат продолжает называться верховным учреждением империи.
Начиная с Александра I, Сенат все больше превращается в место заседания "почетных пенсионеров", носителей высших чинов "Табели о рангах". Максимум, что может делать Сенат - это "надзирать над законностью", при этом почти никак не имея возможности вносить изменения в законодательство. Поэтому когда появляется Государственная Дума, то она, как бы, оказывается под надзором Сената - тот должен проверять принимаемые ей законы на предмет их соответствия уже имеющемуся законодательству. При этом отменить эти законы он в общем-то не может. А ведь существовал еще и Государственный совет, который вроде тоже законодательный орган и тоже вроде попадает под сенатский надзор. А император при этом продолжает считать свою власть самодержавной и абсолютной, а потому вправе отменять или вводить любые законы, наплевав на мнение как Думы, так и Госсовета, да и на Сенат в общем тоже.