Если корабли не плавают по морям, а ходят, то тогда откуда берутся капитаны дальнего плавания, плавучие краны, почему подлодка всплывает?

Плавать в воде может и корыто, и полено. Но для корабля главное  - хороший ход, чтобы дойти до нужной гавани. Туда, где ты нужен, туда, где ждут. А потому корабль гордо идет, а не плывет как щепка по течению.