Если ребёнок не достиг 14-летнего возраста, то он должен быть зарегистрирован с одним из родителей (ст. 20 ч. 2 ГК РФ).
В остальном для ответа на вопрос требуются более конкретные сведения, которые в вопросе не изложены.
Если, к примеру, ребёнок проживает с матерью, и необходимо снять его с регистрационного учёта вместе с матерью в связи с продажей её /их квартиры, то на практике я встречала ситуации, когда перерегистрация производилась без согласия отца.
Если вопрос не об этом, уточните, кто является собственником квартиры, почему нужно снимать ребёнка с регистрационного учёта, сколько лет ребёнку.