Можно ли труд водителя транспорта назвать "сидячей работой"? Какие неожиданные трудности могут поджидать на такой "сидячей" работе?

Конечно можно! Все сопутствующие этому заболевания вполне характерны. Прежде всего геморрой. Водитель в отличие от офисного работника не имеет возможности в процессе управления автомобилем встать с кресла. С другой стороны остановиться не всегда возможно.

Во всяком случае профзаболевания у водителей достаточно типичные для офисных работников.

Правда если офисных работников могут оштрафовать, то водителя за нарушения могут и посадить и лишить  кресла.