На заре существования программы в Linux распространялись в виде исходного кода и файлов конфигурации, их приходилось компилировать и устанавливать в систему вручную. В дальнейшем программы стали распространяться скомпилированными (так называемые пакеты для каждого дистрибутива в своем формате). В настоящее время существуют высоко- и низкоуровневые системы управления пакетами. Низкоуровневые системы — это утилиты, проводящие непосредственно установку, удаление, обновление файлов (например: dpkg, rpm) и высокоуровневые системы — это утилиты, позволяющие кроме оговоренных выше возможностей, разрешать зависимости при установке программ (например: Apt-get, Aptitude, Yum). Для поиска и установки программ лучше использовать высокоуровневые системы управления пакетами, что позволит избежать проблем с зависимостями.
Все зависит от дистрибьютива. Если это Debian или Ubuntu - наберите в терминале "man apt", если Fedora или Red Hat - "man yum". Получите полную справку по командам управления программами. А еще лучше зайти на сайт своего дистрибьютива и прочитать документацию.
В линукс можно устанавливать программы разными путями, но нужно знать линуксовские программы, точнее пакеты делятся на две категории: Дебиан(.deb) и RedHatEnterprise, прощее Федора(.rpm). Можно устанавливать через память как обычное приложение андроид. Можно установить через типичный маркет дистрибутива. А можно через терминал или командный консоль. Но для всех путей нужен навык.