Это зависит от точного критерия.
Если говорить о процентном соотношении, то больше всего их в Боливии и Гватемале. В Боливии это около 55%, в Гватемале подсчитать несколько сложнее, но порядок примерно тот же: чуть больше половины. Возможно, что Гватемала даже лидирует и может похвастаться более чем 60%, но демографические исследования в этой стране проводятся... не очень качественно, скажем так.
Если же говорить об абсолютных цифрах, то тут на первое место выйдет Мексика. Там индейцев до 30% (смотря по каким оценкам), однако это 30% от целых 133 миллионов человек. Даже если уменьшить оценку числа индейцев в Мексике до минимальной, то это всё равно будет примерно как всё населении Боливии вообще.
В целом же в Латинской Америке трудно отделить индейцев от метисов, которые составляют большинство населения почти во всех её странах. Поэтому здесь можно спорить о конкретных цифрах, однако в целом ситуация вот такая: процент от общего населения страны — лидируют Боливия с Гватемалой, численность "по головам" — безусловно Мексика, тут вообще без сомнений.