у меня есть эти права, но фигня в том, что изначально привязано к одному городу (который надо было выбрать), при добавлении в других городах, линия прокладывается, но при сохранении ошибку выдает, что нет прав, но без линий нитки сохраняются.

Тут есть два пожелания:
1. Чтобы маршруты строились правильно. К этому никаких замечаний я не вижу: если нитки заданы правильно, то и маршрут строится к остановке, где осуществляется посадка и от остановки, где осуществляется высадка.
2. Чтобы выбрав остановку на Яндекс.Карте, пользователь видел, какими маршрутами он может здесь воспользоваться. Естественно, маршруты, для которых остановка является конечной, должны быть помечены. Сейчас этого не происходит, но это, наверное, возможно реализовать, используя данные о тех же нитках. То есть дополнительная информация не требуется. Указывать "конечная" и т.п. в названии остановки прямо запрещено правилами.

Если по какому-то городу маршруты общественным транспортом не строятся или строятся неправильно, то в комментариях к остановкам есть смысл указывать: "только высадка", "конечная, возможен проезд транзитом" и т.п. Когда данные будут вводить или править, есть шанс, что комментарий прочитают. Когда человеку что-то непонятно, у него нередко просыпается талант читателя.
Можно также попросить права на редактирование ниток в этой теме.

а зачем?

во-первых, если нет высадки - нет и повторной оплаты. Во-вторых, пассажиры вряд ли для получения информации об этом будут открывать народную карту :) А механизм переноса данных о нитках маршрутов из НЯК в Яндекс.Расписания обойдётся и без звёздочек (они ему только мешать будут).