Кирилл, вы в лучших традициях детективных романов составили почти конспирологическую теорию про негласные нормы и запреты, тогда как реальная ситуация сильно проще:)
1. Допустимость рисования маршрутов транспорта описана в Правилах (3.14.2.4.1. Отбор маршрутов общественного транспорта).
2. Допустимость рисования ниток у маршрутов транспорта определяется наличием маршрута (см. п.1) и прав на нитки. Последние, как известно, выдаются на конкретную территорию и в ручном режиме, поэтому мы считаем, что если возникают вопросы про знание пользователем транспорта на данной территории, они решаются перед выдачей прав. Таким образом, на тех территориях, где у народного картографа есть права на нитки, он может рисовать все разрешенные Правилами маршруты и нитки в любом порядке.
3. Публикация нарисованных маршрутов и ниток. 
Городские сети мы публикуем только когда они отрисованы полностью. Частично отрисованные - не публикуем, поскольку считаем неправильным давать пользователю геосервисов только часть информации о транспорте, это приводит как к некорректной прокладке маршрутов, так и к ошибочной информации про маршруты, проходящие через конкретную остановку.
В тех городах, где есть внутренняя сеть маршрутов, сначала нужно опубликовать городские маршруты, и только потом - пригородные (возможна, конечно, и одновременная публикация "города" и "пригорода"). Связано это с тем, что показывать на карте только часть остановок в городе, либо же часть маршрутов, проходящих через остановку (показывать пригородные, обычно более редкоходящие, и не показывать городские), мы не хотим. Причины описаны выше.
При этом в небольших населённых пунктах, где внутренней сети маршрутов нет, а есть только пригородные маршруты, никаких специальных условий для их публикации нет.


Надеюсь, что третий пункт отвечает на ваш вопрос про мотивацию для текущего принципа публикации маршрутов ОТ. Мы думаем прежде всего про использование конечного продукта пользователями. И ситуация с транспортом в этом смысле сильно отличается от использования, к примеру, данных об адресах или дорогах.
Мы очень рады, что вы беспокоитесь о развитии сервисов Яндекса, в данном случае Транспорта, но хотелось бы в таком случае не поверхностного, а комплексного взгляда, не безапелляционных (но неаргументированных) суждений, а желания разобраться в причинах, приводящих к тому или иному решению команды сервиса.

По поводу вопросов о правах на нитки - напишем в отдельном посте подробнее, но сразу хочется отметить, что:
 - народные картографы не могут блокировать остановки
 - народные картографы не могут делать виртуальные остановки
 В целом же в силу специфичности работы с транспортом, права на нитки выдаются пользователям в "ручном" режиме, безотносительно статуса пользователя в Народной карте (например, модератора в слое транспорта). Характер работы с данными по транспорту у разных пользователей также сильно отличается, и в ряде случаев мы действительно выдаем дополнительные возможности работы с нитками (например - копирование ниток). Это всегда делается с учетом опыта работы народного картографа с нитками, характера этой работы, территории, на которой рисуется или поддерживается транспортная сети, характера этой транспортной сети.

А где собственно возникла проблема с отрисовкой городских?

"Из переписки с сотрудником, орфография и пунктуация сохранены". А вот сарказм не получился. Ответ был дан на грамматически безукоризненном разговорном русском. А вот у вас конец предпоследнего абзаца подкачал.