Нам часто пишут с вопросами о пункте Диагностики Яндекс.Вебмастера "Главная страница сайта недоступна":

• почему главная страница открывается, а Вебмастер сообщает об ошибке?
•  почему раньше страница была доступна, а сейчас нет?
• что нужно проверять в первую очередь при получении предупреждения?

Прямо сейчас такое предупреждение отображается для более 100 тысяч сайтов, добавленных в сервис. Важно разобраться в проблеме, поскольку с главной страницы робот начинает обход нового ресурса, формирует структуру сайта, зачастую использует её в качестве наиболее релевантной страницы по навигационным запросам. Предупреждение может помочь избежать проблем во всём перечисленном.

Используя в Яндекс.Вебмастере инструмент "Проверка статуса URL", можно узнать больше подробностей о странице, которая хранится сейчас в поисковой базе и попробовать разобраться самостоятельно.

Как разобраться? 
В разделе "Статистика обхода" можно посмотреть, какой именно код ответа отдавала страница на запросы робота:

В графе "Стало" отображается код, который получил робот при посещении страницы. 
Если код ответа отличается от 200 ОК, то рекомендую убедиться в актуальности проблемы при помощи инструмента "Проверка ответа сервера". В этом же инструменте обратите внимание на отдаваемое страницей содержимое: возможна ситуация, при которой страница отвечает кодом 200 ОК и не может индексироваться. Например, если страница будет содержать в HTTP-ответе заголовок "Content-length: 0", то робот не сможет проиндексировать такую страницу. При проверке ответа вместо содержимого будет отображаться сообщение "Содержимое страницы отсутствует":

Если страница доступна и проверка показывает, что страница отвечает 200 ОК, то проверьте её исходный код: существует вероятность, что страница запрещена при помощи мета-тега noindex.

Если в результате проверки страница отвечает кодом 200 ОК и проблем с доступностью контента нет, то предупреждение в Вебмастере пропадет в течение нескольких дней и можно считать, что с проблемой справились ;)