Как отнестись к фразе: В войне побеждает тот, чьи помыслы чище?

Если чистотой помыслов здесь называется отсутствие тайного злого замысла, то можно сказать, что злой замысел может давать краткосрочное ситуативное преимущество, например, при устрашении противника перед генеральным сражением, но на длинной дистанции побеждает скорее прозрачность решений, например, учет и контроль боеприпасов, ясная логистика между сражениями и т.д. Но это не чистота помыслов, а прозрачность военной структуры для нее самой. Поэтому фраза, как любая громкая фраза, слышит звон, но не знает, где он. 

Отнестить как к ещё одной благоглупости.

Можно понимать всяко. 

Например, как то, что человек с нечистыми помыслами никогда не будет удовлетворён победой.

Всё будет мало…

Можно победить в войне, в сражении, с помощью силы или оружия, но проиграть стратегически (пиррова победа).

Если победитель не прав морально, и у него нет достойной стратегии мирного развития, достигнутый мир будет шатким и недолгим. 

Война искусство обмана и победителей не судят. Понятно, что лучший солдат - озверевший солдат. А война всегда, страдания, кровь и грязь. Да и ещё «Алягер ком алягер»

Так что скорее всего, про чистые помыслы это сопли пораженческих бесед на генеральских посиделках и штабной-адъютантской среды.

"Чистота помыслов" едва ли может иметь большое значение, главное, что нужно учитывать в настоящий период, что ни одна из физически воюющих сторон уже не сможет стать победителем, поскольку основная доля военных действий перенесена в виртуальное информационное пространство.

Теперь всё решается там!

Так и не дочитал все ответы до конца. Но всё сводится к двум оценкам: полная ерунда и прекрасное изречение. Что является вполне предсказуемой реакцией на максиму. Возьмите любую из Ларошфуко - и получите тот же результат. Все люди разделятся на циников, потерявших веру в людей и прекраснодушных романтиков в розовых очках. Таково оно - человечество.