Что материально в атоме, если он состоит только из зарядов?

А, почему атом состоит из зарядов? Это - новая теория строения? Заряд в атомном ядре - это силы взаимодействия атома со средой, окружающей атом. Или, по другому, протона с электронами, где протоны - частица вещества (+), а электрон - частица антивещества (-) среды. И то, и другое - материя.

А что, кванты, имеющие электрический заряд, не материальны?

К тому же, согласно стандартной модели, кванты, входящие в атом, помимо заряда имеют массу и спин.

И да, кванты по современным представлениям представляют собой возмущения фундаментальных полей. То есть, вся материя - это, грубо говоря, и есть поля. Возмущения которых могут складываться в атомы.