Я думаю, что вы правы, атеизм приходит с развитием критического мышлени. А вот это уже очень сложный вопрос. Когда оно приходит?
Полагаю, что у всех по разному, кто-то не овладевает навыками критического мышления до самой старости.
Например, я стал атеистом будучи подростком. Думаю, что этому поспособствовало образование, чтение, получение большего количества знаний о окружающем мире, нежели было ранее.
По поводу "принял атеизм". Мне кажется, что его в действительности не принимают, во всяком случае звучит как-то кривовато.
Атеизм - это скорее отказ, отвержение или отрицание, нежели принятие.
Например, если мы с кем-то подружились, то вполне уместно сказать "принял дружбу". Если же мы отвергаем предложение о дружбе, мы же не говорим "принял бездружие".