Стандартный дисклеймер: атеизм - это зонтичный термин, объединяющий огромное число людей, не имеющих почти ничего общего в своих мировоззрениях. Есть среди них и такие, кто уверен, что наука в каком-то явном виде бога опровергла. Поэтому писать могу только за себя.
Мысль в сторону: имхо, нужно отдельное сообщество "Спроси атеиста", в которое и загружать аналогичные вопросы...
Собственно, ответ. Я приплетаю научные исследования в разговоры о богах в трёх основных случаях:
1) Когда эти данные опровергают конкретные тезисы. Например, тезис "молитвы доказали свою эффективность" опровергается ссылкой на соответствующее исследование.
2) Для подтверждения конкретных тезисов. Например, "существует отрицательная корреляция между уровнем религиозности и уровнем образования".
3) Когда иллюстрирую мысль о том, что вера - плохой способ узнать правду. В этом контексте я могу сказать, что любое научное исследование подвергается рецензированию, перепроверке, сомнению и коррекции. И эта система существует для того, чтобы минимизировать допущенные ошибки. В рамках религиозной веры подобных проверок не предусмотрено, а сомнения некоторыми верующими вообще рассматриваются как нечто отрицательное. В этом случае я не имею в виду, что наука опровергла (опровергает) бога. Я всего лишь указываю на то, что в научный метод встроен поиск ошибок, которого остро не хватает религии.