С тех пор, как в научном сообществе устоялся консенсус касательно того, что вся или почти вся обнаруженная клеточная жизнь на Земле имеет общее биологическое происхождение (монофилетична), вся классификация стала формироваться как попытка выстраивать деревья степени родства, а не деревья сходств элементов фенотипа. С того времени разработка методов молекулярной биологии не породила новых направлений классификации.
В наше время осталось всего два направления биологической систематики. Первое - эволюционная таксономия, которая в упрощённом виде даётся в школах на уроках биологии и является удобной для усвоения основ, в рамках ЭТ таксономические ранги вводятся естественным образом. Вторая - кладистика, суть предельно минималистичная классификация в виде дерева, которое почти всюду является бинарным (то есть за редким исключением на уровне клад один предок может иметь не более двух потомков), и которое не отражает ничего кроме отношения родства, здесь именованные таксономические ранги не имеют смысла и по терминологии компьютерщиков применяются только как "поддержка обратной совместимости".
Можно со всей определённостью сказать, что современные методы не просто упростили выяснение отношений родства, они значительно упорядочили саму систему связей между таксонами; впрочем, о полном упорядочивании речи пока нет, остаётся ещё множество неясных моментов. Надо отдать должное уважение специалистам прошлого (до так называемой "эры ДНК"): сопоставляя и классифицируя элементы фенотипов людям удалось верно выстроить полноценную основу дерева родственных связей, анализ геномов подтвердил правильность большинства изысканий, особенно качественно были классифицированы позвоночные животные и цветковые растения.