Полимеразы - белки, выполняющие роль ферментов, катализирующие синтез нуклеиновых кислот (РНК, ДНК). Как и любой другой фермент, полимеразы имеют сайты связывания с лигандом (то есть катализируемым веществом). Есть ещё другие сайты связывания с другими белками, аллостерические центры, но это уже более детальный состав.
Вас интересует механизм связывания. Давайте разберём на примере дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК). Фермент полимераза, который правильно свернулся, принял нужную конформацию, попал по "адресу" то есть в ядро клетки, где находятся молекулы ДНК. Для простоты представим, что цепь ДНК уже приняла вид, который необходим для транскрипции (синтеза новой цепи на матрице прежней цепи ДНК). Для того, чтобы получить новую цепь, необходимо "расшить" прежнюю на две одиночных цепи. В дело вступает ДНК-полимераза. Как известно на цепи ДНК имеются экзоны (кодирующие части) и интроны (те, что не кодируют никакой белок). ДНК-полимераза "садиться" (связывается с определённым участком, контуры которого совпадают с контурами на сайте связывания) на промотор, специфичный для определённого белка, начинается разделение цепей. То есть промотор (различный в разных участках) и есть тот сигнализатор, благодаря которому фермент садиться на нужное место. Промотор как раз та некодирующая часть. "Понимает" же полимераза, когда ей пора остановиться благодаря другому некодирующему участку - терминатору. Он имеет такую структуру, которая имеет слишком низкое сродство для фермента, силы, которые удерживали этот фермент больше не действуют и он "отщепляется", прекращается дальнейшее развёртывание цепи.