Чтобы заразиться и заболеть, инопланетяне должны иметь очень схожую с нами биологию. Даже на Земле, где все виды жизни относительно близки, так как скорее всего имели общего предка, передача вируса от одного вида к другому - событие не уникальное, но и не частое.
Иммунитет может быть не специфическим - организму не обязательно точно знать с каким именно вирусом он имеет дело. Имунная система может реагировать и на незнакомый вирус иначе мы все бы уже давно бы погибли, ведь вирусы все время изменяются.
И главное, вряд ли для существ преодолевших межзвёздные расстояния будет проблемой создать лекарство от нового вируса.