Любая продуманная структура всегда улучшает ориентацию по тексту и положительно влияет на его восприятие. Причем неважно, книга это, журнал или страница сайта. Законы верстки везде одинаковы.
Если говорить конкретно о сносках и глоссарии, то это абсолютно необходимо в технической или учебной литературе. Но и в случае с художественным текстом это тоже часто имеет смысл, если это оправдано содержанием. Например, если это - научно-фантастический или исторический роман, где используется материал, с которым читатель не сталкивается в повседневной жизни).