Можно. Единственное - ООО это форма собственности организации. К самозанятости или предпринимательству она не имеет никакого отношения.
Вы вправе быть одновременно:
- самозанятым;
- индивидуальным предпринимателем;
- директором (а также учредителем) в ООО.
То есть по тем доходам, которые не попадают в самозанятость, вы, как ИП, должны платить налоги в рамках общего режима налогообложения. Это налог на добавленную стоимость (если вы не получите освобождение от него) и налог на доходы физических лиц.
Доходы ООО к вашей предпринимательской деятельности (как физического лица) не будут иметь никакого отношения. Они будут облагаться налогами в рамках того режима, который применяет ООО (общая или упрощенная система).