Приложения на python изначально предполагают распространение в виде исходного кода. Собственно этим он и неудобен. Теоретически - можно откомпилировать и распространять бинарник - но это возможно только под windows.
Другой вопрос в том, что скомпилированный код можно декомпилировать… и вы все равно его не защитите…, но это уже вопрос ценности самого кода (точнее того, покроют ли трудозатраты на декомпиляцию стоимость результата)
С практической точки зрения - защита может быть только юридическая. Да… — старые и проверенные авторские права… ну а че…
Если без хардкора никак - то:
Как возможность - использование библиотек на c++ (или другом языке, кроме java), которые будут собраны и распространяться вместе с кодом и выполнять часть работы, критическую для тиражирования. Однако такое положение вещей может нарушать некоторые лицензии.
Отдельной возможностью может стоять упаковка в контейнер, такой как docker, AppImage… (их много всяких: похожих и не похожих, контейнеров и не очень) или какую-то похожую по смыслу технологию и уже в рамках контейнера распространять приложение и продумывать его защиту от тиражирования.