Вопрос немного некорректен. SQL - язык запросов, тогда как MySQL и MSSQL - сервера имеющие свои диалекты SQL
По выбору стоит определиться для каких целей обучение.
MySQL традиционно популярен среди сайтоделов. Исторически. Но его уже перегнал на этом поприще PostgreSQL и их диалекты предельно похожи.
MSSQL же распространен в нишевом сегменте windows-продуктов. Имеет свой диалект - T-SQL и только-только был переведен на работу в среде linux (с 2016-й версии)