У дельта-штамма выявлена мутация P681R. В результате изменён небольшой фрагмент S-белка. У штамма «Дельта» выявлена подлиния «Дельта плюс» (B.1.617.2.1 или AY.1). «Дельта плюс» имеет мутацию K417N в спайковом белке (то есть в белке шипа вируса), в результате вирус быстрее связывается с клетками легких человека. Имеется предположение, что K417N также помогает вирусу уклоняться от нейтрализующих антител.