Каково происхождение фразы "честь имею"?

Как уже здесь ответили, выражение это не является уникальным для русского языка: его аналог есть и в английском (have the honour), и во французском (avoir l'honneur de...), и во многих прочих индоевропейских языках, будучи определенной универсалией, т.е. устоявшимся в мышлении и языке образом -- образом дани уважения, чести своему собеседнику. В русском языке эта фраза стала использоваться в основном в военном кругу с 18-19 вв., при этом отрицательная коннотация (вроде как "мне некогда с вами говорить") появилась относительно недавно, уже в 20 в.