Да, действительно, в настоящее время нет слов начинающихся с буквы Ы. Но это было не всегда. Ещё каких-то 7-6 тыс. лет назад, в период праиндоевропейской общности народов (т.ч. предок РЯ), было достаточно много слов начинающихся на фонему Ы - Ы:З (след), ЫҚ (стон, вздох), Ы:Қ (идти по ветру), ЫС (тереть), ЫШЫ (сверкать) и т.д., но их было всё равно меньше на порядок, чем слов начинающихся на букву И. В процессе эволюционной парономазии (соединение в одном отрезке речи односложных слов, сходных по звучанию, но разных по значению), паронимы на И, своим большинством, естественным звучанием вытеснили паронимы на Ы.
Примером может послужить современное правило грамматики на ЖИ/ШИ, где при звучании слов неспроста слышится фонема Ы. Это касается не только шипящих, но и например глухого Ц (грация - [гратсыйа]).
Я думаю мы не полезем глубоко. Я лишь хотел донести до вас, что не так всё однозначно.