К уже сказанному о роли категории одушевленности/неодушевленности в формообразовании современного русского языка остается только добавить, что вообще данная грамматическая категория имеет очень древнее происхождение (появилась судя по всему в праиндоевропейском языке).
В
работе А.Е. Манькова на тему образования категории рода в индоевропейских языках сказано вот что: "Очевидно, что восприятие предметов как «одушевлённых» («активных») и «неодушевлённых» («инактивных») образуется не произвольно, не a priori. Оно складывается в ходе эмпирического познания, как следствие опыта наблюдения за предметом. Реализация признаков активности ~ инактивности зависит от положения предмета при совершающемся действии. Активность проявляется в случае, когда предмет оказывает какое-либо воздействие на другой предмет, т. е. когда он выступает субъектом активного действия. Следовательно, восприятие предметов как активных обусловлено их способностью оказывать какое-либо воздействие на другой предмет. Активность реализуется тогда, когда предмет занимает позицию субъекта воздействия (т.е. активного действия). Восприятие предметов как инактивных обусловлено их неспособностью оказывать какое-либо воздействие на другой предмет и, следовательно, неспособностью занимать позицию субъекта активного действия. Из этого следует, что в зависимости от способности занимать положение субъекта активного действия, всё множество предметов делится на два класса. Первый класс составляют предметы, могущие одинаково часто быть и субъектами, и и объектами активного действия".
Позднее из категории одушевленных имен образовались имена мужского и женского рода. Почему нельзя было всё неодушевленное записать в неативные, а одушевленное маркировать показателем рода? Видимо потому что в какой-то момент именные классы (прототип нашего современного склонения) стали десемантизироваться, то есть слова в них стали группировать по формальным признакам, а не по значению. Процесс был очень долгий и тогда же можно было бы потерять и род, и одушевленность, но этого не произошло.
Почему? На эту тему можно поспекулировать, но лучше провести добросовестное исследование.